Hlavnou funkciou hydrotermálneho riadiaceho systému je udržiavať tepelnú bilanciu systému palivových článkov, získavať prebytočné teplo a vykonávať pomocné vykurovanie pri spustení systému palivových článkov, aby sa zabezpečilo, že vnútro zásobníka palivových článkov môže rýchlo dosiahnuť vhodný teplotný rozsah a zabezpečiť, aby bola katóda v najlepšej pracovnej oblasti na oboch stranách anódy.
Systém riadenia tepla vody sa skladá hlavne z elektronického termostatu, elektronického vodného čerpadla, chladiča, deionizéra a expanznej nádoby.
Funkciou elektronického termostatu je upraviť prietok vody veľkej a malej cirkulácie v chladiacom systéme úpravou otvoru tak, aby sa dosiahla presná regulácia teploty.